În anul 1638, voievodul Vasile Lupu a ctitorit o biserică de piatră, conform pisaniei în limba slavonă deasupra peretelui dintre pridvor și pronaos. Aceasta a fost zidită înaintea ctitoriei de la Mănăstirea Trei Ierarhi și a fost sfințită pe 30 aprilie 1638 de patriarhul Chiril Lukaris al Constantinopolului.
Pe locul mănăstirii de astăzi era o moșie domnească unde anterior exista o biserică de lemn. Conform legendei, Doamna Tudosca s-a ascuns într-o scorbură de copac în timpul unei invazii tătare, fiind găsită ulterior de voievodul Vasile Lupu. Ca semn de mulțumire, voievodul a decis să zidească o mănăstire.
Pisania slavonă a fost tradusă de episcopul Melchisedec Ștefănescu, menționând ctitorii și data sfințirii bisericii: 30 aprilie 1638, de către patriarhul Chiril.
După detronarea lui Vasile Lupu în 1653, biserica a fost arsă și dărâmată, fiind ulterior reconstruită de mai multe ori, astfel încât nu mai păstrează stilul original.
O pisanie de marmură albă pe un perete exterior menționează că biserica a fost restaurată în 1702 de domnitorul Constantin Duca. Inscripția a fost tradusă de episcopul Melchisedec.
Ctitorul a înzestrat mănăstirea cu terenuri extinse de domnitorul Nicolae Mavrocordat. Acestea se întindeau pe valea râului Căcaina.
În 1809, egumenul Serafim al Mănăstirii "Trei Ierarhi" a restaurat biserica, așezând o a treia pisanie. În 1850, biserica a fost pictată.
În 1863, după adoptarea Legii secularizării averilor mănăstirești, mănăstirea a fost desființată, biserica rămânând ca biserică de mir.
După 1960, biserica a fost inclusă în perimetrul Grădinii Botanice din Iași și a necesitat lucrări de restaurare din cauza neglijenței.
Între 1983-1986, biserica a fost restaurată, consolidată și împodobită prin contribuția credincioșilor și sprijinul Mitropoliei Moldovei și Sucevei. Pictura a fost realizată de Vasile și Violeta Carp.
O casă parohială mare a fost construită, iar ulterior s-au îmbunătățit căile de acces și s-a sistematizat cimitirul. Ultimul paroh a fost preotul Teodor Mera.
În 2001, mitropolitul Daniel Ciobotea a reactivat Mănăstirea "Sf. Atanasie" din Podgorii - Iași ca mănăstire de maici. La 29 aprilie 2001, biserica a primit și un al doilea hram, Duminica mironosițelor.
Patrimoniul Parohiei "Sf. Atanasie" a trecut în administrarea Mănăstirii "Sf. Atanasie" Podgoria Iași. Fosta parohie a fost rearondată bisericii din satul Cârlig.
Trei monahii de la Mănăstirea Galata au venit inițial aici, iar prima egumenă a fost maica Teodora Vrânceanu. Casa parohială a fost extinsă pentru a deveni chilii pentru maici, care se ocupă și cu ateliere de broderie, croitorie și pictură bisericească.
În aprilie 2009, la Mănăstirea Podgoria Copou trăiau paisprezece maici, duhovnicul fiind protosinghelul Hrisostom Andrioaia.
Sursa: copou.mmb.ro
